Projekt dotyczy zbadania różnic w profilu ekspresji genów w perycytach syntezujących marker CD146 (perycyty CD146+) izolowanych z mięśni szkieletowych kończyn tylnych myszy szczepu dzikiego (WT) oraz mięśni myszy szczepu mdx (mdx), które w badaniach podstawowych służą za model ludzkiej choroby – dystrofii mięśniowej Duchenne’a. Komórki wyizolowano z mięśni szkieletowych myszy WT oraz mdx, sortowano z wykorzystaniem kolumn magnetycznych aby wzbogacić populację komórek CD146+. Po 5 dniach hodowli komórki zebrano i wyizolowano całkowite RNA. Wykonano analizę NGS (Next Generation Sequencing Core Facility, Centrum Nowych Technologii).
Dane z wysokoprzepustowego sekwencjonowania występują w postaci:
„rawCounts” - pliku z surowymi danymi (.txt)
„comparsion” - list zidentyfikowanych taranskryptów (.xlsx)
Dla poszczególnych wariantów eksperymentu:
WT – perycyty CD146+ izolowane z mięśni szkieletowych myszy szczepu dzikiego
mdx – perycyty CD146+ izolowane z mięśni szkieletowych myszy szczepu mdx.
The project aims to investigate differences in the gene expression profile of pericytes expressing the CD146 marker (CD146+ pericytes) isolated from the skeletal muscles of wild-type (WT) mice and mdx mice, which serve as a fundamental research model for Duchenne muscular dystrophy.
Pericytes were isolated from the skeletal muscles of WT and mdx mice and subsequently enriched for the CD146+ population using magnetic column sorting. After five days of in vitro culture, cells were harvested, and total RNA was extracted. Next-generation sequencing (NGS) was performed at the Next Generation Sequencing Core Facility, Center for New Technologies.
The high-throughput sequencing data are available in the following formats:
"rawCounts" – a text file (.txt) containing raw sequencing data
“comparison" – an Excel file (.xlsx) listing identified transcripts
These datasets correspond to the experimental conditions:
WT – CD146+ pericytes isolated from the skeletal muscles of wild-type mice
mdx – CD146+ pericytes isolated from the skeletal muscles of mdx mice.
